Comparison of Prognosis Between SARS-CoV-2 Wild and Variant Lineages in Kocaeli Province, Turkey

INTRODUCTION: Recently, genetic variants of SARS-CoV-2 are becoming increasingly common around the world. RNA viruses constantly accumulate genomic mutations as they spread among humans. In this study, we aimed to compare whether SARS-CoV-2 variants and wild types are associated with different outcomes among COVID-19 patients in Kocaeli, Turkey.
METHODS: Patients aged >14 years with a definitive COVID-19 diagnosis were included. The nasopharyngeal samples were scanned with the Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Variant Plus kit (Bioeksen Inc., Istanbul, Turkey), designed to distinguish B.1.1.7, B.1.351, and P.1 strains. Positive detected samples were confirmed by next-generation sequencing.
RESULTS: 53 variants and 33 wild-type lineages infected COVID-19 patients were evaluated in our study. SARS-CoV-2 positive samples from 59 patients were assigned a lineage following next-genome sequencing 52 belonging to the B.1.1.7 lineage, 1 to the South African B.1.351lineage, and 6 to the wild lineage. In the variant group, 46 (86.8%) patients had mild disease.
DISCUSSION AND CONCLUSION: We found that patients with variant lineage had mild disease. Hospitalization and intensive care requirements were less in this group. It is important to detect new genetic variants of SARS-CoV-2 with the sequencing method which is the gold standard for the epidemiology of the virus.

Kocaeli İli, Türkiye'deki SARS-CoV-2 Yabani ve Varyant Soyları Arasındaki Prognoz Karşılaştırması

GİRİŞ ve AMAÇ: Son zamanlarda, SARS-CoV-2'nin genetik varyantları dünya çapında giderek daha yaygın hale geliyor. RNA virüsleri, insanlar arasında yayılırken sürekli olarak genomik mutasyonlar biriktirir. Bu çalışmada, Kocaeli, Türkiye'deki COVID-19 hastaları arasında SARS-CoV-2 varyantlarının ve vahşi tiplerin farklı sonuçlarla ilişkili olup olmadığını karşılaştırmayı amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Kesin COVID-19 teşhisi konan 14 yaşından büyük hastalar dahil edildi. Nazofaringeal örnekler B.1.1.7, B.1.351 ve P.1 suşlarını ayırt etmek için tasarlanmış Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Variant Plus kiti (Bioeksen Inc., İstanbul, Türkiye) ile tarandı. Pozitif tespit edilen örnekler, yeni nesil dizileme ile doğrulandı.


BULGULAR: Çalışmamızda 53 varyant ve 33 vahşi tip soy enfekte COVID-19 hastası değerlendirildi. 59 hastadan alınan SARS-CoV-2 pozitif numunelere, B.1.1.7 soyuna ait 52, Güney Afrika B.1.351 soyuna ve 6'sı vahşi soylara ait sonraki genom dizilimi sonrasında bir soy atanmıştır. Varyant grubunda 46 (%86,8) hastada hafif hastalık mevcuttu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Varyant soya sahip hastaların hafif hastalığı olduğunu bulduk. Bu grupta yatış ve yoğun bakım gereksinimleri daha azdı. Virüsün epidemiyolojisi için altın standart olan dizileme yöntemi ile SARS-CoV-2'nin yeni genetik varyantlarının saptanması önemlidir.